Su composición depende del huésped, pero también puede ser modificada de manera exógena (con la alimentación).
Gran parte de estas bacterias son muy valiosas para los procesos del organismo como la digestión, el metabolismo, la producción de la energía que proviene de la dieta, y la regulación de las grasas. Sin embargo, el desequilibrio entre las bacterias buenas y malas podría contribuir al desarrollo de ciertas enfermedades como la obesidad.